Nach dem Rückbau und der Klassierung der Abfallchargen durch Los P+A werden die Materialien verladen und den verschiedenen Empfängern geliefert.

Wenn die geruchliche und chemische Belastung dies erlaubt, erfolgt der Transport ab Kölliken in loser Schüttung per LKW oder Bahn. Materialien, welche geruchliche Emissionen verursachen könnten oder dies aufgrund der vorgesehenen Entsorgungsanlage benötigen, werden vor dem Abtransport in geruchsdichte Container, Fässer oder sogenannte Big Bags verpackt. Die dazu notwendigen Abfüllanlagen werden in der Etappe 1A in der Lagerhalle, in den Rückbauetappen 1C und 2 in der Manipulationshalle betrieben.

Die Abfälle werden in Anlagen und Deponien in der Schweiz und im EU-Raum entsorgt bzw. wenn möglich verwertet. Das Sanierungsprojekt schreibt dabei vor, dass Transporte über die Schweizer Grenze mit Bahn oder Schiff durchgeführt werden. Zu diesem Zweck wird vom Los I ein Gleisanschluss vom Streckennetz der SBB in die Lagerhalle der SMDK gebaut.

Im Unterschied zur Auftraggebervariante sieht die Unternehmervariante der ARGE Phönix vor, den Abtransport per Bahn mit Ganzzügen anstelle von Wagengruppen durchzuführen. Damit kann die Lager- und Transportlogistik optimiert werden. Andererseits setzt dies voraus, dass der Rückbau und die Lagerverwaltung so geplant wird, dass die benötigten Mengen für Ganzzüge auch tatsächlich erreicht werden.